27 września 1939 r. gen. Walerian Czuma wydał rozkaz o zaprzestaniu walk w Warszawie, o godzinie 14 rozpoczęło się zawieszenie broni. Tego dnia w oblężonej przez Niemców Warszawie na rozkaz gen. Juliusza Rómmla powołana zostaje konspiracyjna Służba Zwycięstwu Polski, przekształcona z czasem w Związek Walki Zbrojnej, a w 1942 r. – w Armię Krajową.

Jej dowódcą został gen. Michał Tokarzewski-Karaszewicz, człowiek wieku talentów, wysoko lokowany mason. Generał utworzył wraz z grupą oficerów konspiracyjną organizację wojskową, mającą kontynuować walkę przeciwko okupantom. We wrześniu 1939 r. niewiele więcej już można było zrobić.  

Celem Służby Zwycięstwu Polski było kontynuowanie – w warunkach konspiracji, walki z Niemcami oraz przygotowywanie kadr i sformowanie jednostek wojskowych w celu wywołania powstania. Struktury konspiracyjne tworzono też w województwach wschodnich, zajętych przez ZSRS od 17 września 1939 r.

Od 3 września trwało bezładne przegrupowywanie Wojska za linię Wisły. Ewakuacja administracji państwowej i naczelnego dowództwa ze stolicy nastąpiła już 7 i 8 września 1939 r. Wkroczenie sowietów i uderzenie Armii Czerwonej 17 września 1939 r. spotęgowały chaos. Na naradzie z udziałem prezydenta RP, premiera, ministra spraw zagranicznych i Naczelnego Wodza zapadła decyzja, że władze Rzeczypospolitej opuszczą granice państwa.

Stefan Starzyński, prezydent Miasta Warszawa, odmówił ewakuacji i stanął na czele cywilnej obrony stolicy. Na mocy rozkazu Naczelnego Wodza została utworzona Armia „Warszawa” pod dowództwem gen. Juliusza Rómmla. Starzyński powołał Komitet Obywatelski przy Dowództwie Obrony Warszawy od socjalistów, przez piłsudczyków, ludowców, do narodowców. 21 września 1939 r. przedarł się do miasta gen. Michał Tokarzewski-Karaszewicz, który uczestniczył w bitwie nad Bzurą. Bezpośrednie dowodzenie wojskową obroną sprawował gen. Walerian Czuma.

Prezydent Starzyński 23 września 1939 r., kiedy Niemcy zaczęli się szykować do generalnego szturmu, przed mikrofonem Polskiego Radia powiedział:

„Chciałem, by Warszawa była wielka. Wierzyłem, że wielka będzie. Ja i moi współpracownicy kreśliliśmy plany, robiliśmy szkice wielkiej Warszawy przyszłości. I Warszawa jest wielka. Prędzej to nastąpiło, niż przypuszczaliśmy.  Nie za lat pięćdziesiąt, nie za sto, lecz dziś widzę wielką Warszawę. Gdy teraz do was mówię, widzę ją przez okno w całej wielkości i chwale, otoczoną kłębami dymu, rozczerwienioną płomieniami ognia, wspaniałą, niezniszczalną, wielką, walczącą Warszawę. I choć tam, gdzie miały być wspaniałe sierocińce – gruzy leżą, choć tam, gdzie miały być parki – dziś są barykady gęsto trupami pokryte, choć płoną nasze biblioteki, choć palą się szpitale – nie za lat pięćdziesiąt, nie za sto, lecz dziś Warszawa broniąca honoru Polski jest u szczytu swej wielkości i chwały”.

Było to jego ostatnie przemówienie.

26 i 27 września był dla Dowództwa Obrony Warszawy dniem ważnych decyzji. Niemcy prowadzili zmasowany ostrzał artyleryjski i naloty bombowe, ale mimo zaangażowanych sił i środków Niemcom nie udało się wedrzeć do Warszawy. Szturm został odparty lecz nie było nadziei na odsiecz.  

Tydzień wcześniej w ostatnim orędziu przygotowanym na ziemi polskiej prezydent RP Ignacy Mościcki poinformował, że wobec niemożności sprawowania konstytucyjnych funkcji na obszarze kraju, rząd postanowił przenieść najwyższe instytucje państwowe na terytorium „jednego z naszych sojuszników”. Kolumna samochodów przekroczyła most graniczny w Kutach na Czeremoszu.

17 września 1939 r. w Kołomyi Śmigły-Rydz wezwał na odprawę mjr. Edmunda Galinata i rozkazał mu przedostać się na tereny centralnej Polski i uruchomić komórki dywersji pozafrontowej oraz podjąć akcję zbrojną na tyłach wojsk niemieckich: „Posyłam majora Galinata do Warszawy celem zorganizowania podziemnej organizacji do walki z Niemcami. Obejmie on dowództwo i kierownictwo. Naczelny Wódz marszałek Rydz-Śmigły 17/9.39”.

Major przed wojną znalazł się w trzyosobowym zespole ds. dywersji pozafrontowej na tyłach wojsk niemieckich. To mjr Galinat zajmował się tworzeniem siatki dywersyjno-wywiadowczej na Pomorzu. Jednak sprawy potoczyły się inaczej. Zarówno w konspiracji 1939/40, jak we Francji i w Anglii był traktowany z rezerwą, był uważany za człowieka sanacji i byłego już wodza i marszałka Rydza-Śmigłego. Objął z czasem dowodzenie nad mało znaną, a wartą opracowań specjalną 1 Samodzielną Kompanią Grenadierów we Francji. Ta nieufność do majora była o tyle uzasadniona, że Naczelny Wódz marszałek Edward Rydz-Śmigły o północy 17 na 18 września 1939 r. opuścił pole walki i walczący Kraj. Przekroczył granicę rumuńską. Rumuni internowali rząd polski, prezydenta i marszałka RP.

Generał Tokarzewski-Karaszewicz (na zdj. trzeci z prawej) miał koncepcję dalszej walki w konspiracji. Za wzór przyjął Polską Organizację Wojskową. Chciał, żeby wszystko odbyło się formalnie i zgodnie z prawem, tak by zachować ciągłość instytucji państwa. 26 września 1939 poinformował o swoim pomyśle gen. Rómmla.

Generał był postacią nietuzinkową, współzałożycielem i członkiem lóż masońskich. W 1937 r. uzyskał najwyższy w rycie szkockim dawnym i uznanym 33. stopień wtajemniczenia. W trakcie przekraczania granicy niemiecko-sowieckiej, pod zmienionym nazwiskiem, został aresztowany. Wnet Sowieci uzyskali informację z kim mają do czynienia (jego pseudonim Iwan Sierow uzyskał od płk. Okulickiego, który w maju 1941 r. na Łubiance załamał się w śledztwie – przeszedł m.in. konwejer). Po inwazji Niemiec na ZSRS zwolniony z więzienia NKWD na wniosek gen. Andersa w sierpniu 1941 r. podjął służbę w Polskich Siłach Zbrojnych (tzw. Armia gen. Andersa). 16 marca 1943 r. został zastępcą dowodzącego PSZ gen. dyw. Władysława Andersa.  

4 grudnia 1939 r. premier rządu RP i Wódz Naczelny gen. Władysław Sikorski powołał w Kraju Związek Walki Zbrojnej. 14 lutego 1942 r. gen. Sikorski przekształcił ZWZ w konspiracyjną Armię Krajową, siłę zbrojną podległą rządowi RP w Londynie.

Tajne struktury podporządkowane rządowi emigracyjnemu nazywano z czasem Polskim Państwem Podziemnym.